En mai 1990, le gouvernement modifia la Constitution pour permettre la tenue d’élections multipartites, mais les régions rurales plébiscitèrent le maintien du Parti communiste au pouvoir, ce qui permit néanmoins à l’opposition démocratique d’entrer à l’Assemblée nationale. Le pays changea de nom et devintl a république de Mongolie.
Premier president de Mongolie Punsalmaagyn Ochirbat, ancien ministre du Commerce extérieur inaugurant une période de libéralisation politique et économique. Les premières élections multipartites ont lieu en juillet 1990. Une nouvelle Constitution, respectant les principes de démocratie, d’économie mixte, de liberté d’opinion et de neutralité en politique étrangère est adoptée en janvier 1992.
Le Parti révolutionnaire du peuple mongol (PRPM) reconstitué remporte les élections législatives au mois de juin de cette année. Le Grand Khural est aboli et un nouveau Grand Khural unicaméral devient le Corps législatif du pays. La première élection présidentielle directe a lieu en juin 1993 ; elle est remportée par le président sortant, Punsalmaagyn Otshirbat.
Le gouvernement communiste commença une réforme en 1990 afin de promouvoir l’écriture traditionnelle dans le pays en lieu et place de l’alphabet cyrillique. En 1994 et 1995, de nouvelles résolutions parlementaire (n° 43) et gouvernementale (n° 223) mirent en place un programme destiné à répandre l’usage de l’écriture traditionnelle dans la presse et l’édition, ainsi qu’à l’introduire dans les écoles en tant que matière spécifique. De nouveaux livres scolaires furent édités afin d’enseigner l’écriture mongole à partir de la troisième année du primaire; ils étaient fondés sur des explications en alphabet cyrillique.
La victoire de la Coalition d’union démocratique aux élections législatives du 30 juin 1996 mit fin à 75 ans de règne communiste. Toutefois, après plusieurs années d’une politique de réformes et de privatisation, la pauvreté et la famine continuent de miner le pays.
En mai 1997, le président sortant est battu par le candidat du PRPM, Nachagyn Bagabandi. Le 24 juillet 1998, le gouvernement, dirigé par les opposants politiques du président, démissionne pour des raisons de conflit permanent avec le chef de l’État. Le parti d’opposition, l’Alliance démocratique, présente alors plusieurs candidats pour le poste de Premier ministre, qui sont toutes refusées par Nachagyn Bagabandi. En octobre 1998, un nouveau candidat, Sanjaasurejijn Zorig, est assassiné.
Au terme de plusieurs mois de crise, Rinchynnyam Amarjargal, membre de l’Alliance démocratique (AD) est nommé Premier ministre. Cependant, le gouvernement doit faire face à une forte sécheresse en 1999 puis à un hiver très rigoureux en 2000, entraînant la mort de près de 3 millions de têtes de bétail et une grave pénurie alimentaire.
La rigueur exceptionnelle des hivers de 2001 et de 2002 a sérieusement remis en cause le mode de vie des éleveurs nomades et amené le pays au bord de la crise, avec la mort de six millions de têtes de bétail en raison des températures extrêmes. La Mongolie fait alors appel à l’aide internationale, tandis que l’AD doit faire face à une corruption grandissante, à de fortes dissensions et à l’hostilité du président. Profitant de cette situation de crise, le PRPM remporte très largement les élections législatives de juillet 2000 (72 des 76 sièges du Grand Khural) et Nambariin Enkhbayar devient Premier ministre.
En mai 2001, Nachagyn Bagabandi est réélu à la présidence de la République au premier tour de scrutin avec 57,9 p. 100 des voix face au candidat démocrate Radnasumberel Gonchigdorji. La participation atteint 82,6 p. 100. Dans un pays qui s’enfonce dans la pauvreté, tout en étant l’un des plus assistés de la planète, enclavé entre la Chine et la Russie, les anciens communistes conservent l’essentiel des pouvoirs.
Le gouvernement de Nambariin Enkhbayar poursuit cependant les réformes visant à faire face à la crise économique, avec notamment la mise en œuvre d’une politique de privatisations des entreprises d’État (en particulier dans le secteur énergétique). S’il continue de privilégier les relations avec la Russie — en 2004, il parvient à régler la question de la dette héritée de l’ère soviétique —, il tente aussi de se rapprocher des pays occidentaux.
En 2003, la Mongolie envoie un contingent de 300 hommes en Irak pour soutenir la coalition américano-britannique et, en 2005, elle signe un accord commercial avec l’Union européenne (UE). Les élections législatives de juin 2004 sont marquées par un très net recul du PRPM, qui remporte 48 p. 100 des suffrages et 36 sièges.
La Coalition démocratique et patriotique (CDP), qui réunit le Parti démocrate, le Parti républicain de la volonté civile et le Parti socialiste de la néo-démocratie, recueille 44 p. 100 des voix et 34 sièges. Une grande coalition gouvernementale est mise en place avec, au poste de Premier ministre, Tsakhia Elbegdorj (CDP). Lors de l’élection présidentielle de mai 2005, l’ancien Premier ministre Nambariin Enkhbayarsuccède à Nachagyn Bagabandi, avec 53,4 p. 100 des suffrages contre 20 p. 100 au candidat démocrate Mendsaikhanin Enkhsaikhan.
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